根据《关于国家重点实验室有关工作的通知》和2008年3月3日全国国家重点实验室工作视频会议的精神，围绕“用化学工程的理论与方法指导材料制备与加工过程”、“发展以新材料为基础的化工单元技术与理论”的学术思路，结合实验室现有的研究工作基础，经过讨论研究，制订了实验室开放运行及自主课题申请审批考核使用等管理办法。
一、开放运行经费的30％用于实验室设置开放课题，20％用于举办及参加国内外学术会议，邀请学者讲学等学术交流活动，50％用于实验室日常管理费用，包括水电气燃料、公共试剂和耗材、临时人员聘用、仪器搬迁、维护费用、人员培训、实验室各项奖励费用等。
二、自主课题分为重点项目课题、前瞻性/探索性课题、新进人员启动课题三类。
三、重点项目课题是实验室研究项目体系中的重要部分，其定位是瞄准国际前沿，整合创新资源，孕育重点突破。重点项目课题支持实验室人员围绕实验室重点任务，针对有战略意义的、已有较好基础，并可能产生重大成果的课题，组织团队开展持续深入的系统性研究，期望通过自主课题的研究，形成具有自主知识产权、对国民经济有重大影响的标志性成果；前瞻性/探索性课题定位是瞄准科学前沿，促进学科发展，激励原始创新。支持实验室人员围绕实验室研究方向，针对一些有创意性的、目前在国际国内研究尚处于开始阶段的基础研究，由实验室固定人员或团队自由申请，自主选题，力图通过研究得到新的发现或取得重要进展。鼓励开展具有前瞻性、勇于创新的探索性研究工作，支持探索性较强、风险性较大的创新研究。期望通过此类课题的研究，在一些新兴方向取得突破性进展，发表高水平论文，并使实验室获得技术储备，为今后的可持续研究打下基础；新进人员启动课题与人才引进相配套，对于实验室新进人员（工作未满一年的）可申请自主研究课题，主要用于新进人员的科研启动，促进新进人员成长。
四、研究课题坚持“鼓励创新、稳定支持、定性评价、宽容失败”的原则；研究课题的管理实行实验室主任负责制；课题决策过程公开透明，实验室在充分论证的基础上发布指南，实验室成员根据指南要求进行申报，要求明确课题的研究内容、关键问题、目标任务、人员组成、经费使用等，然后实验室组织专家进行评审，通过答辩等方式竞争获得，并以适当方式征求学术委员会意见。与课题责任人签订责任书；课题申请的经费主要用于实验消耗费、仪器购置与自制、学术交流等方面，重点项目课题经费需要项目获得者按1:1的经费进行配套；研究课题期限一般为1-3年，严格考核程序，实行淘汰制与滚动制。参照重点实验室总体要求和评估规则，对课题的执行情况每年进行定期检查，对于一些完成情况达不到要求的课题，暂停下一年度的研究，整改或淘汰；及时验收，对于完成情况优秀的课题，可继续滚动。