研究方向：
主要研究方向包括：生物反应器工程；代谢工程；基因工程；不对称合成；细胞与组织培养工程；药物合成；药物制剂；生物催化工程；分离工程；生物化学；食品科学。研究内容：基于对遗传工程、蛋白质工程和代谢化学本质的认识，研究与发展用于农药、医药的新化合物；通过应用与模拟生物体系中化学过程的特性，应用生物催化剂及化学合成的综合手段，实现生物有机合成在工程水平上研究复杂手性合成的新方法、新技术。研究的应用技术： a.酶促反应合成手性化合物的关键技术平台； b.肽类化合物的规模化制备及其应用平台； c.生物高分子材料的制备及其应用平台； d.生物能源的研究开发； e.化学创制药物、酶工程药物和天然药物及其药物新剂型的研究开发； f.生物技术在轻化工领域的应用技术研究。
学院不仅拥有一个江苏省重点实验室（工业生物技术重点实验室），设立了8个主要共性技术支撑平台：a微生物菌种诱变改良技术平台、b生物信息学技术平台、c基因工程技术平台、d蛋白质与酶工程技术平台、e发酵过程优化与调控技术平台、f生物分离技术平台、g反应器工程与过程装备技术平台、h工业试验平台，同时还有工业生物技术研究所、药物研究所、药剂研究所。
主要研究方向的内容简介：
1．手性前体及其手性化合物的制备研究
以先进的合成理论为基础，合成了五元含氮杂环化合物海因及其系列衍生物，并以此为前体，开发了多种含氮的杂环化合物；其中海因、亚苄基海因已实现了工业化生产；海因的常压生产技术具有自主知识产权，达到了为国际先进水平。以先进的组合生物合成为指导，开展了系列手性氨基酸和氨基酸的生物有机合成的开发研究，其中L－天冬氨酸、L-丙氨酸、L-苯丙氨酸、L-苹果酸已实现了工业化生产，生产技术和经济指标达到了国际先进水平；发展D-氨基酸的通用制备技术，开展了D-苯丙氨酸、D－天冬氨酸、D－色氨酸、D－缬氨酸和D－蛋氨酸的制备研究，目前正在进行产业化试验。D-苹果酸、D-乳酸的研究也完成了实验室研究。

2． 肽类化合物的合成技术研究
运用组合化学的合成理论，构建了具有自主知识产权的规模化肽类合成及分离纯化技术平台，建立了包括保护性氨基酸制备、功能化树脂制备、高通量合成及规模化分离纯化的成套肽类合成技术，为拓展肽类化合物在医药、食品和精细化工等领域的运用打下基础。已对短肽及多肽、类肽等化合物的合成开展了多项研究，主要进行了天苯二肽系列、天丙二肽系列及谷光甘肽等的合成研究，目前正在进行胸腺素a1等生物活性多肽的合成研究；
3． 天然产物的研究开发与应用
运用连续色谱、分子印迹和高速逆流色谱等新型分离手段及组合生物合成的理论，开展中草药有效成分的分离提取、结构修饰研究，研制开发具有自主知识产权的新型中草药物；同时积极开展了天然活性成分在保健品、化妆品中的应用，开发了多项保健品和化妆品制备技术。目前通过对甘草、人参等有效成分的分离提取、经组合合成已获得了比原有成分具有明显药效的创新化合物，极有可能发展成为具有自主知识产权的新药。
4． 化学创制药物的研究
根据先进的有机合成理论、利用完备的实验手段，近年来研制了多项创制药物，投向市场均产生了明显的经济和社会效益，目前尚有多个新药品种正进行临床前研究。
5． 酶工程药物的开发研究
药理学研究发现，D型糖的磷酸化合物有着良好的生物活性，而且在抗病毒、抗癌症、抗艾滋病、抗心血管疾病、糖尿病、骨质疏松等疑难疾病均有着良好的治疗效果。为此，利用先进的酶工程手段合成了多种D型糖的磷酸化合物，均已经或正在开发成为新药。1，6-二磷酸果糖钠盐是治疗心血管疾病的良药，已经实现了国产化生产；1，6-二磷酸果糖镁盐是治疗心血管疾病的安全有效的化合物，并明显优于其他镁制剂，可能被开发成为有自主知识产权的新药；1，6-二磷酸果糖锶盐是治疗骨质疏松症的安全有效的化合物，有可能被开发成为有自主知识产权的新药。