国家生化工程技术研究中心在2004年省高技术研究重点实验室和工程技术研究中心绩效评估中获得“优秀”这一令人满意的成绩。在52个参评的兄弟单位中脱颖而出，名列前茅。在此次评估中获得“优秀”有8家，“合格”的有39家，“不合格”的有5家。

这次评估活动是为了加强对省高技术研究重点实验室和工程技术研究中心的实施管理和绩效考核。省科技厅、省财政厅委托江苏省科技评估咨询中心，对10个省高技术重点实验室、42个省工程技术研究中心2002-2003年度的运行绩效进行了评估。经评估调查、现场核查、专家评议、情况复核和结果公示等程序，已完成了全部的评估工作。

根据有关规定，对2004年评估结果为“不合格”的实验室和工程中心将给予黄牌警告，于 9 月 30 日前 报省科技厅科技机构与条件处。对连续两次评估结果为“不合格”的实验室和工程中心将给予摘牌处理，从而提高全省科技创新水平和持续创新能力，促进江苏经济的发展。